Bonsais zijn niet extra gevoelig voor ziekten en plagen. Ziekten en plagen die in de omgeving soortgelijke bomen aantasten kunnen dus ook de bonsais aantasten. Maar doordat de bonsais klein zijn is het effect meestal groter dan bij de grote bomen in de omgeving.
Wel zijn de bonsais gevoeliger voor A-biotische factoren (weersinvloeden - bemestingsresultaten). Door de kleine hoeveelheid grondmengsel is het bufferend vermogen kleiner. Het water is bij droogweer snel op en bij veel regen spoelen sommige meststoffen snel uit.
Voor afbeeldingen van ziekten en plagen klik op foto van meeldauw op eik.